Sự cố nổ trong phòng thí nghiệm

Vào ngày 5 tháng 1 năm 2017, trong lúc đang dọn dẹp dụng cụ thực hành, một số nam sinh lớp 12A2 của trường đã đùa nghịch, thực hành thí nghiệm ngoài chương trình học và vô ý gây ra vụ nổ khiến cho ba học sinh bị bỏng.[15] Ngày 5 tháng 2, diễn đàn học sinh trường đã đăng tải lời chia sẻ của nữ sinh - nạn nhân bị bỏng nặng nhất (cấp độ 3) sau tai nạn ở phòng thí nghiệm của trường, theo đó, em cho rằng sự việc xảy ra là do sự bất cẩn của người quản lý tiết học (giáo viên chủ nhiệm) và các bạn học sinh đã trực tiếp tham gia vào vụ việc. Em cũng cho biết, suốt một tháng sau khi xảy ra vụ việc, không một ai đã phải chịu hình thức kỷ luật và rằng nhà trường đã có hành vi che giấu sự việc.[16][17]

Sau đó, Hiệu trưởng Nguyễn Thị Nhâm Huyền trong báo cáo gửi Sở Giáo dục và Đào tạo Hà Nội đã xác nhận về việc một vụ nổ có xảy ra ngày 5 tháng 1 vào cuối giờ thực hành Hóa học của lớp 12A2. Cô viết rằng: "Đây là sự cố hy hữu gây ra do sự nghịch ngợm bất cẩn của học sinh nên trường đã họp rút kinh nghiệm đồng thời thăm hỏi, hỗ trợ ban đầu cho gia đình nữ sinh và các bạn. Sau khi những học sinh bị ảnh hưởng đi học lại, nhà trường sẽ sắp xếp giáo viên bộ môn dạy kèm để đảm bảo học sinh không bị mất kiến thức và dự thi kì thi Trung học phổ thông quốc gia".[18]

Cũng trong buổi trả lời báo chí ngày 7 tháng 2, lãnh đạo trường đã lý giải việc một tháng qua chưa áp dụng hình thức kỷ luật với các cá nhân liên quan là vì "phải đợi nữ sinh - người bị bỏng nặng nhất bình phục đến trường". Đúng theo nguyên tắc kỷ luật, theo Hiệu phó Nguyễn Thị Bích Loan, là phải có mặt đầy đủ học sinh, phụ huynh và các bên.[19]

Sở Giáo dục & Đào tạo Hà Nội sau đó đã họp hội đồng kỷ luật, quyết định hình thức kỷ luật khiển trách đối với hiệu trưởng trường Trung học phổ thông Phan Đình Phùng sau vụ nữ sinh bị bỏng nặng do sự cố phòng thực hành, đồng thời hai nam sinh gây ra tai nạn cũng đã bị thi hành hình thức kỉ luật khiển trách và nhắc nhở trước toàn trường.[20]